Неизвестно, когда этот участок впервые стал почитаться, как место погребения Авраама, но недавние раскопки двойной пещеры привели к тому, что были найдены предметы Раннего израильского периода (приблизительно 30 столетий назад). Великая стена, которая все еще окружает Пещеру Махпела, была построена Иродом Великим (31-34 гг. до н.э.).
Комплекс Ирода, вероятно, состоял из шести кенотафиев, расположенных симметрично парами в открытом дворе. Эта структура была сохранена до настоящего времени. Вход в святилище и пещеру, возможно, был расположен на более низком уровне около центра юго-западной стороны, около более поздней Гробницы Иосифа. Святыня посещалась христианскими паломниками с, по крайней мере, 4-ого столетия, когда некоторые путешественники описывали этот комплекс как открытую структуру, содержащую шесть гробниц. В источниках 6-ого столетия упоминается, что у пещер появились портики, базилика, и экран, отделяющий христианских и еврейских паломников. Следов существования церкви 4-6 столетий не найдено пока. Неизвестно, когда мечеть была впервые построена здесь, но она, должно быть, уже существовала в 918 году, когда вход в Гробницы был сделан в центре северо-восточной стены по приказу калифа из династии Фатимидов. В это время мечеть для молитв в пятницу располагалась в южном конце комплекса, а михраб васин - в юго-восточной стене. В 985 году, купола были построены над гробницами Авраама и Сары; а гробницы Исаака и Ребекки располагались уже в мечети; гробницы Иакова и Лии располагались в здании в северо-западном конце комплекса. Гробницы устилались покрывалами, и множество ламп и фонарей освещало интерьер храма. Богадельня была построена вдоль северо-западной стены комплекса, и комнаты для мусульманских паломников были построены выше молитвенного зала. Гробница Иосифа была добавлена под куполом напротив внешнего юго-западного фасада.
Годфри Бульон взял комплекс Ирода, напав на него, в 1100 году во время Крестового похода. Согласно правилу Крестоносцев, святыню назвали Замком Святого Авраама. Глава монахов августинцев стал управлять комплексом. Светские и военные здания крестоносцев были размещены в новой пристройке с юго-западной стороны. Эта пристройка позже использовалось как караван-сарай, религиозная школа, и бараки, прежде чем была уничтожена в 1960-ых годах. В 1119 году, местоположение пещеры с гробницами под кенотафиями было вновь случайно открыто во время прорубания стены Ирода. Кости патриархов были найдены в пещере, перенесены в верхний двор и помещены в гробницы. Большинство костей было, в конечном счете, захоронено под двором, в специальных гробницах, но некоторые были проданы паломникам как ценные реликвии и таким образом попали на Запад. В это же время, возможно, как результат этого открытия, была построена новая церковь крестоносцев в южном конце комплекса, на месте прежней мечети. Кенотафии Исаака и Ребекки были перемещены немного на запад к ступеням. Церковь стала собором, резиденцией епископа. Несколько источников этого периода говорят, что посетители могли посещать священные пещеры, расположенные под собором. Королевство крестоносцев пало в 1187 году, и Саладин преобразовал церковь крестоносцев в мечеть, которая так и стоит с тех времен. Еврейским и христианским паломникам первоначально разрешали продолжать посещать могилы, но это было запрещено султаном Бейбарсом Первым в 1266 году. В 1318-1320 годах, Санджар аль - Джавили построил вторую мечеть на северо-восточной стороне комплекса, и назвал ее Аl-Jawiliyya. Главная мечеть была украшена мозаичной и мраморной облицовкой и панелями в 1330-ых годах.
Главная реконструкция была предпринята в 1382-1399 годах, и ее результатом стало появление дверей в гробницу Иосифа в юго-западной стене комплекса, добавление портиков вдоль юго-западной стороны внутреннего двора, восстановление купола над гробницей Авраама и изменения кенотафиев Авраама, Сары, Иакова и Лии из оригинальных прямоугольных структур на многоугольные структуры с куполами. Примерно в 1490-ых годах доступ к пещерам был закрыт, и они остаются закрытыми сегодня. Доступ к участку оставался запрещенным для евреев и христиан до конца 1800-ых годов, и затем только в соответствии с редким разрешением для нескольких видных европейцев был позволен. По состоянию на 1922 год население Хеврона составляло 16 500, и включало 430 евреев, у которых все еще не было доступа к Гробницам Патриархов. Последующие бунты и резня в 1929 году привели к тому, что немногочисленное еврейское меньшинство сбежало из города. После войны 1967 года Генерал - Майор Рабби Шломо Горен был первым евреем, который вошел в Гробницу Патриархов за последнюю 1 000 лет. Израильские археологи исследовали пещеры, и нашли экспонаты с Железного века и с периода крестоносцев (12-ое столетие). Еврейское поселение в Хевроне начало возрождаться после 1967 года, частично в старом западном квартале и в новых районах на востоке. Однако между мусульманами и евреями продолжают сохраняться напряженные отношения, особенно после того, как еврейский поселенец убил 29 мусульман в мечети в 1994 году. Сегодня, участок - все еще является мечетью и главным образом находится под контролем мусульман, также как и Храмовая Гора в Иерусалиме. Посещение комплекса мусульманами и евреями и его использование строго регламентируется после инцидента 1994 года.